ドット絵制作の定番フリーソフト、EDGE（エッジ）が配布されています。
ソフトの性能もさることながら、常ににぎわっているドット絵掲示板も一見の価値あり。

ソフトのインストール無しで透過GIFを作成することが出来ます。
ただし、画像のサイズが縦横640ピクセル以上の場合、
自動的に比率を保持したまま画像の縦横幅が縮小されてしまうので注意。
その場合は、GIF変換用のソフトを利用してください。

GIFのサイズ最適化など、侮れない機能が満載の、最も信頼できるGIF変換ツール。
現在はフリーで配布されていますが、有料だった時から手放せません。
＞もっと詳しいツール紹介はこちら（文責:yuhiro）

透過GIFも製作できる、高性能フルカラードローツール。
色数制限の機能はないので、パレットの利用を徹底したり、他の減色ツールを利用するなど
色落ち（GIFの256色制限にかからないように）対策の必要があります。

（配布元のサイトがあっさりしすぎているのでソフト紹介サイトにリンクしています。）
GIF画像について回る256色制限を、簡単に解決できる最強の減色ツールです。
特に覚えておきたいテクニックは、「減色オプション」の「透過色指定」。
多種多様なファイル形式に対応していて、重宝します。

画像加工ソフト、Photshop Elementsを利用した、WWA画像の編集方を紹介しています（ページ直リンク）
最新バージョンでの紹介ではありませんが、フォトショップ系は大体似たような操作になると思います。