ドット絵制作の定番フリーソフト、EDGE（エッジ）が配布されています。
ソフトの性能もさることながら、常ににぎわっているドット絵掲示板も一見の価値あり。

透過GIFも製作できる、高性能フルカラードローツール。
色数制限の機能はないので、パレットの利用を徹底したり、他の減色ツールを利用するなど
色落ち（GIFの256色制限にかからないように）対策の必要があります。

画像加工ソフト、Photshop Elementsを利用した、WWA画像の編集方を紹介しています（ページ直リンク）
最新バージョンでの紹介ではありませんが、フォトショップ系は大体似たような操作になると思います。